江戸時代、神道・修験道・陰陽道は容認されていた

山川教科書（B309)

P176

…しかし、仏教以外の宗教がすべて陰圧されたわけではなく、神道・修験道・陰陽道なども仏教に準じて幕府によって容認されていた…

修験道は、天台系（本山派）は聖護院門跡（しょうごいんもんぜき）が、真言系（当山派）は醍醐寺三宝院門跡が本山として末端の修験者を支配した。また、陰陽道は、公家の土御門家が全国の陰陽師を配下においた。

こういう、誰も読まんところを読んでおきましょう。

「地下鉄」で読み解く江戸・東京 PHP文庫